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首先可以通过尾巴来分辨小巴西龟的公母，雄龟的尾巴雌龟的更为短小，雄龟的尾巴呈锐角三角形，母龟的尾巴根部较为细小，呈条形。
其次可以抚摸小巴西龟的腹甲来区分它们的公母，雄龟的腹甲略像内凹陷，雌龟的腹甲较为平坦且较为没有凹陷，摸起来较为平滑。
最后可以观察小巴西龟的生殖器来区分公母，雄性乌龟的泄殖孔在尾巴上，距离腹甲后缘较远，泄殖孔呈长方形。雌性乌龟，在尾巴上，离腹甲后缘较近，泄殖孔呈圆形。
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