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孔雀鱼在近亲交配繁殖后，可能会使子代的基因逐渐退化，导致子代以及后代一直长不大。此类主要是针对完全近亲而言，也就是一公一母产下的不同性子代繁殖出来的幼仔鱼。
但是在繁殖缸内的孔雀鱼母鱼产下的幼仔鱼可能是两个公鱼的后代，因此并不完全算是近亲繁殖，这种情况下繁殖出来的幼仔鱼进行繁殖，一般是不会出现任何问题或疾病的。
但是在大繁殖缸内混养的公母孔雀鱼，其繁殖出来的子代，再进行近亲繁殖，最终可能会经过不断的强化，以致繁殖出品相上佳的新品种，但也可能会因为恶性繁殖导致全部死亡。
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