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科属不同
锦龟：锦龟属于龟科。
巴西龟：巴西龟属于泽龟科。
背甲不同
锦龟：锦龟的背甲为橄榄色或黑色，光滑无棱。
巴西龟：巴西龟的背甲为翠绿色或苹果绿色，背部中央有一条显著的脊棱。
腹甲不同
锦龟：锦龟的腹甲是黄色的，有时会夹带红色，有时又带有黑色到红棕色的图案，图案的大小和形状不定。
巴西龟：巴西龟的腹甲是淡黄色，有左右对称的圆形、椭圆形、棒形或略呈蝶形的色斑，整个腹甲的色斑形成一种奇特的图案。
头部颜色不同
锦龟：锦龟的头部有黄色的条纹。
巴西龟：巴西龟的头侧中部的鼓膜上有桔红色或暗红色的椭圆形斑。
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