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密西西比麝香龟性成熟需要8-9个月,在麝香龟年龄还比较小的时候,公龟和母龟之间的区别特征是不太明显的,不容易区分。尤其是在它们刚出生的时候,更不容易区别公母。一般来说,至少要养殖2-3年才可以看出公母。若是想明确地区分公母,则最好在它们进入性成熟阶段或成年之后,这样它们的性别特征会更加明显。
在水温22-26℃,体重90-195克的成熟亲龟便进行交配。 交配在水中进行、雄龟追逐雌龟几分钟后,待雌龟稍停,雄他从其后面迅速爬上雌后背,用前肢抱抓雌龟背部,并疼交接器送入雌龟泄殖孔内,雄龟伸长脖颈,有时随雌龟在水底爬动。
麝香龟会在腐烂的原木或枯叶下的水边挖浅窝,有时雌龟每年会筑巢2次或更多次。有时雌雄一起筑巢。在水下交配,然后雌龟在2-6月产下1-9个卵。幼体在60-84天后孵化。